本病半数以上患者有“”急性肾盂肾炎””既往史，实际上不是急性肾盂肾炎，而是”慢性肾盂肾炎”的首发症状。其后有”畏寒”、”发热”、”乏力”、”食欲不振”、腰酸、”腰痛”及脊肋角叩痛等症状，并伴有”尿频”、”尿急”、”尿痛”等下尿路刺激症状，及排尿困难，急性发作表现也时有出现。慢性肾盂肾炎临床表现复杂，容易反复发作，多会引起肾性高血压，要密切注意患者的身体状况。

慢性肾盂肾炎症状较急性期轻。有时可表现为无症状性菌尿。半数以上患者有急性肾盂肾炎既往史，实际上是慢性肾盂肾炎的首发症状。而后间断反复出现尿路刺激症状，一般较轻，不如急性肾盂肾炎明显，其后有乏力、低热、厌食及腰酸痛等症状，并伴有尿频、尿急、尿痛等下尿路刺激症状。急性发作时全身症状与急性肾盂肾炎相同，有发热、腰痛、腹痛、膀胱刺激症状。肾损害进展时，可有肾小管功能损害，如浓缩功能减退、低渗、低比重尿、夜尿增多及肾小管性酸中毒等。到晚期，可出现肾小球功能损害、氮质血症直至尿毒症。

慢性肾盂肾炎多引起肾性高血压，一般认为与患者高肾素血症及一些缩血管多肽的释放和血管硬化、狭窄等病变有关。少数患者切除一侧病肾后，高血压可得以改善。至病程晚期，患者可出现肾小球功能损害、氮质血症直至尿毒症。在小管间质损害的基础上，可出现局灶节段性的肾小球硬化，表现为大量蛋白尿或肾病综合征，这些病人预后差，可进展为终末期肾病。

小儿（偶尔成人）患者可出现慢性细菌性肾盂肾炎的急性发作。发热仅见于急性发作期，无急性发作的患者可能无症状。当慢性肾盂肾炎进入晚期且累及双侧肾脏时，可出现高血压、贫血和氮质血症的相关症状。